北千住駅に中間改札がないのは、JRと東武のいずれもが東京メトロとの境界駅となっているため。

JR常磐線（緩行線）-東京メトロ千代田線
※常磐緩行線と千代田線の施設上の境界は隣の綾瀬駅だが、歴史的経緯により運賃計算上の境界駅となっている

東武伊勢崎線＜スカイツリーライン＞（緩行線）-東京メトロ日比谷線